1. ต้นกล้ามีความแปรปรวนเนื่องมาจากพันธุกรรม
การแปรปรวนเกิดจากการกลายพันธุ์ ถ้าผู้ผลิตเมล็ดพันธุ์มีการควบคุมคุณภาพการผลิตที่ดี ความแปรปรวน
ของต้นกล้าในแปลงเพาะควรจะน้อยกว่า 5%
2. ความผิดปกติทางด้านสรีระในขณะผสมเกสร
ในฤดูฝนการเก็บรักษาละอองเกสรเพื่อใช้ผสมพันธุ์จะมีปัญหาน้อยเกี่ยวกับความมีชีวิตของละอองเกสร
ส่วนในฤดูแล้งถ้าตันปาล์มขาดน้ำจะมีผลกระทบต่อคุณภาพและความแข็งแรงของคัพภะในขณะพัฒนาทำให้เมล็ด
พันธุ์ไม่สมบูรณ์ จะเกิดลักษณะผิดปกติของตันกล้าได้
3. เมล็ดพันธุ์มีคุณภาพต่ำ
ถ้าควบคุมคุณภาพเมล็ดไม่ดีพอ จะพบเชื้อโรคที่เมล็ด หรือถ้ามีการคัดเลือกเมล็ดไม่ได้มาตรฐาน มีผลทำให้ได้
ต้นกล้าอ่อนแอมากขึ้น
